gkArrays.h

/******************************************************************************
*                                                                             *
*  Copyright © 2010-2013 -- IRB/INSERM                                        *
*                           (Institut de Recherches en Biothérapie /          *
*                           Institut National de la Santé et de la Recherche  *
*                           Médicale)                                         *
*                           LIFL/INRIA                                        *
*                           (Laboratoire d'Informatique Fondamentale de       *
*                           Lille / Institut National de Recherche en         *
*                           Informatique et Automatique)                      *
*                           LIRMM/CNRS                                        *
*                           (Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de   *
*                           Microélectronique de Montpellier /                *
*                           Centre National de la Recherche Scientifique)     *
*                           LITIS                                             *
*                           (Laboratoire d'Informatique, du Traitement de     *
*                           l'Information et des Systèmes).                   *
*                                                                             *
*                                                                             *
*  Auteurs/Authors: Nicolas PHILIPPE <nicolas.philippe@lirmm.fr>              *
*                   Mikaël SALSON    <mikael.salson@lifl.fr>                  *
*                   Thierry LECROQ   <thierry.lecroq@univ-rouen.fr>           *
*                   Martine LÉONARD  <Martine.Leonard@univ-rouen.fr>          *
*                   Éric RIVALS      <eric.rivals@lirmm.fr>                   *
*                                                                             *
*  Programmeurs                                                               *
*      /Progammers: Nicolas PHILIPPE <nicolas.philippe@lirmm.fr>              *
*                   Mikaël SALSON    <mikael.salson@lifl.fr>                  *
*                   Jérôme AUDOUX    <jerome.audoux@etud.univ-montp2.fr>      *
*  with additional contribution for the packaging of:                         *
*                   Alban MANCHERON  <alban.mancheron@lirmm.fr>               *
*                                                                             *
*  Contact:         Gk-Arrays list   <crac-gkarrays@lists.gforge.inria.fr>    *
*                                                                             *
*  -------------------------------------------------------------------------  *
*                                                                             *
*  Ce fichier fait partie de la librairie Gk-arrays.                          *
*                                                                             *
*  La librairie Gk-arrays  a  pour objectif d'indexer de grands ensembles de  *
*  lectures de séquences issues du séquençage haut-débit.                     *
*                                                                             *
*  Ce logiciel est régi par la licence CeCILL-C soumise au droit français et  *
*  respectant les principes  de diffusion des logiciels libres.  Vous pouvez  *
*  utiliser, modifier et/ou redistribuer ce programme sous les conditions de  *
*  la licence CeCILL-C telle que diffusée par le CEA, le CNRS et l'INRIA sur  *
*  le site "http://www.cecill.info".                                          *
*                                                                             *
*  En contrepartie de l'accessibilité au code source et des droits de copie,  *
*  de modification et de redistribution accordés par cette licence, il n'est  *
*  offert aux utilisateurs qu'une garantie limitée.  Pour les mêmes raisons,  *
*  seule une responsabilité  restreinte pèse  sur l'auteur du programme,  le  *
*  titulaire des droits patrimoniaux et les concédants successifs.            *
*                                                                             *
*  À  cet égard  l'attention de  l'utilisateur est  attirée sur  les risques  *
*  associés  au chargement,  à  l'utilisation,  à  la modification  et/ou au  *
*  développement  et à la reproduction du  logiciel par  l'utilisateur étant  *
*  donné  sa spécificité  de logiciel libre,  qui peut le rendre  complexe à  *
*  manipuler et qui le réserve donc à des développeurs et des professionnels  *
*  avertis  possédant  des  connaissances  informatiques  approfondies.  Les  *
*  utilisateurs  sont donc  invités  à  charger  et  tester  l'adéquation du  *
*  logiciel  à leurs besoins  dans des conditions  permettant  d'assurer  la  *
*  sécurité de leurs systêmes et ou de leurs données et,  plus généralement,  *
*  à l'utiliser et l'exploiter dans les mêmes conditions de sécurité.         *
*                                                                             *
*  Le fait  que vous puissiez accéder  à cet en-tête signifie  que vous avez  *
*  pris connaissance de la licence CeCILL-C, et que vous en avez accepté les  *
*  termes.                                                                    *
*                                                                             *
*  -------------------------------------------------------------------------  *
*                                                                             *
*  This File is part of the Gk-arrays library.                                *
*                                                                             *
*  The Gk-arrays library aims at indexing k-factors from a huge set of        *
*  sequencing reads.                                                          *
*                                                                             *
*  This software is governed by the CeCILL-C license under French law and     *
*  abiding by the rules of distribution of free software. You can use,        *
*  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-C   *
*  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL          *
*  "http://www.cecill.info".                                                  *
*                                                                             *
*  As a counterpart to the access to the source code and rights to copy,      *
*  modify and redistribute granted by the license, users are provided only    *
*  with a limited warranty and the software's author, the holder of the       *
*  economic rights, and the successive licensors have only limited            *
*  liability.                                                                 *
*                                                                             *
*  In this respect, the user's attention is drawn to the risks associated     *
*  with loading, using, modifying and/or developing or reproducing the        *
*  software by the user in light of its specific status of free software,     *
*  that may mean that it is complicated to manipulate, and that also          *
*  therefore means that it is reserved for developers and experienced         *
*  professionals having in-depth computer knowledge. Users are therefore      *
*  encouraged to load and test the software's suitability as regards their    *
*  requirements in conditions enabling the security of their systems and/or   *
*  data to be ensured and, more generally, to use and operate it in the same  *
*  conditions as regards security.                                            *
*                                                                             *
*  The fact that you are presently reading this means that you have had       *
*  knowledge of the CeCILL-C license and that you accept its terms.           *
*                                                                             *
******************************************************************************/
 
#ifndef GKARRAYS_H
#define GKARRAYS_H

#include <utility>
#ifdef HAVE_CONFIG_H
#  include <config.h>
#endif
#include "gkArraysTypes.h"
#include "solArray.h"

#include "sux/rank9b.h"
#include "readsReader.h"

namespace gkarrays {

  extern "C" {
    /* One can use this function to test the library availability */
    char *libGkArraysVersion();
  }

  class gkArrays {
  private:
    uchar *alltags; 
    uintSA nb_tags;
    SolArray *gkSA;
    SolArray *gkISA;
    SolArray *gkCFPS;
 
    uint threshold;
    bool use_bitvector;
    uint tag_length;
    uint64_t *read_lengths;
    rank9b *read_lengths_select;
    rank9b *read_lengths_rank;

    readsReader *reads;

    bool is_large;
    bool is_stranded;
    uint nb_threads;

  public:
    gkArrays(char *tags_file, uint threshold, bool use_bitvector=false, uint tag_length=0, bool stranded=false,uint nb_threads=1);

    gkArrays(char *tags_file1, char *tags_file2, uint threshold, bool use_bitvector=false, uint tag_length=0, bool stranded=false,uint nb_threads=1);

    ~gkArrays();

    static bool isDiscarded(uint actual_length, uint theoretical_length=0, uint k=0);

    uintSA convertPposToQpos(uintSA i);

    uintSA getEndPosOfTagNum(uint tag_num);

    uintSA getGkCFA(uintSA i);

    uintSA getGkCFALength();

    uintSA getGkISA(uintSA i);
    uintSA getGkSA(uintSA i);

    uintSA getGkSALength();

    uintSA getNbPposition(uintSA nb_reads);

    uint getNbTags();

    uint getNbTagsWithFactor(uint tag_num, uint pos_factor, bool multiplicity=0);

    uint getNbThreads();

    uint getPair(uint i);

    uintSA getPosInCommon(uint tag_num,uint pos_factor); 
    
    readsReader *getReads();
  
    uintSA getStartPosOfTagNum(uint tag_num);

    uintSA getStartQPosOfTagNum(uint tag_num);
  
    uint *getSupport(uint i);

    uint getSupportLength(uint i=0);

    char *getTag(uint i);

    uint getTagLength(uint i=0);

    char *getTagFactor(uint i, uint p, uint l);

    uint getTagNum(uintSA pos);

    std::pair<uint, uint> getTagNumAndPosFromAbsolutePos(uintSA pos);

    uint *getTagNumWithFactor(uint tag_num, uint pos_factor);

    std::pair <uint, uint> *getTagsWithFactor(uint tag_num, uint pos_factor);

    std::pair <uint, uint> *getTagsWithFactor(char *factor, uint factor_length,
                          uint &nb_fact);

    char *getTextFactor(uintSA pos, uint length);

    uint getThreshold();
  
    array_type getType();

    bool isLarge();

    bool isPposition(uintSA pos);

    bool isStranded();

    bool isTheFirstMemberOfPair(uint i);

    private:

    void init();
  };

}
#endif

// Local Variables:
// mode:c++
// End: