solArray.h

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*                                                                             *
*  Copyright © 2010-2013 -- IRB/INSERM                                        *
*                           (Institut de Recherches en Biothérapie /          *
*                           Institut National de la Santé et de la Recherche  *
*                           Médicale)                                         *
*                           LIFL/INRIA                                        *
*                           (Laboratoire d'Informatique Fondamentale de       *
*                           Lille / Institut National de Recherche en         *
*                           Informatique et Automatique)                      *
*                           LIRMM/CNRS                                        *
*                           (Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de   *
*                           Microélectronique de Montpellier /                *
*                           Centre National de la Recherche Scientifique)     *
*                           LITIS                                             *
*                           (Laboratoire d'Informatique, du Traitement de     *
*                           l'Information et des Systèmes).                   *
*                                                                             *
*                                                                             *
*  Auteurs/Authors: Nicolas PHILIPPE <nicolas.philippe@lirmm.fr>              *
*                   Mikaël SALSON    <mikael.salson@lifl.fr>                  *
*                   Thierry LECROQ   <thierry.lecroq@univ-rouen.fr>           *
*                   Martine LÉONARD  <Martine.Leonard@univ-rouen.fr>          *
*                   Éric RIVALS      <eric.rivals@lirmm.fr>                   *
*                                                                             *
*  Programmeurs                                                               *
*      /Progammers: Nicolas PHILIPPE <nicolas.philippe@lirmm.fr>              *
*                   Mikaël SALSON    <mikael.salson@lifl.fr>                  *
*                                                                             *
*  Contact:         Gk-Arrays list   <crac-gkarrays@lists.gforge.inria.fr>    *
*                                                                             *
*  -------------------------------------------------------------------------  *
*                                                                             *
*  Ce fichier fait partie de la librairie Gk-arrays.                          *
*                                                                             *
*  La librairie Gk-arrays  a  pour objectif d'indexer de grands ensembles de  *
*  lectures de séquences issues du séquençage haut-débit.                     *
*                                                                             *
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*  avertis  possédant  des  connaissances  informatiques  approfondies.  Les  *
*  utilisateurs  sont donc  invités  à  charger  et  tester  l'adéquation du  *
*  logiciel  à leurs besoins  dans des conditions  permettant  d'assurer  la  *
*  sécurité de leurs systêmes et ou de leurs données et,  plus généralement,  *
*  à l'utiliser et l'exploiter dans les mêmes conditions de sécurité.         *
*                                                                             *
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*                                                                             *
*  -------------------------------------------------------------------------  *
*                                                                             *
*  This File is part of the Gk-arrays library.                                *
*                                                                             *
*  The Gk-arrays library aims at indexing k-factors from a huge set of        *
*  sequencing reads.                                                          *
*                                                                             *
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*                                                                             *
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*                                                                             *
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*  therefore means that it is reserved for developers and experienced         *
*  professionals having in-depth computer knowledge. Users are therefore      *
*  encouraged to load and test the software's suitability as regards their    *
*  requirements in conditions enabling the security of their systems and/or   *
*  data to be ensured and, more generally, to use and operate it in the same  *
*  conditions as regards security.                                            *
*                                                                             *
*  The fact that you are presently reading this means that you have had       *
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*                                                                             *
******************************************************************************/
 
#ifndef SOL_ARRAY_H
#define SOL_ARRAY_H

#include <stdexcept>
#include "gkArraysTypes.h"
#include "bitvector.hxx"

using namespace std;

namespace gkarrays {

  typedef enum {SMALL_ARRAY, LARGE_ARRAY, OPTIMAL_ARRAY} array_type;

  class SolArray {
  public:
    array_type type;
    uintSA *large;
    uint *small;
    BitVector<uintSA, uintSA> *bv;
    uintSA len;

    SolArray();

    SolArray(uintSA nbElements, array_type t);

    SolArray(void *ptr, array_type t, uintSA nbElements) throw (invalid_argument);

    SolArray(SolArray &sa);

    ~SolArray();

    void init(uintSA nbElements, array_type t) ;

    uintSA get(uintSA pos);

    array_type getType();

    uintSA length();

    void realloc(uintSA nbElements) throw (logic_error);
    
    void set(uintSA pos, uintSA value);

    uintSA operator[](uintSA pos);
  };


  inline uintSA SolArray::get(uintSA pos) {
    switch(type) {
    case SMALL_ARRAY:
      return small[pos];
    case LARGE_ARRAY:
      return large[pos];
    default:
      return bv->GetValue(pos);
    }
  }

  inline array_type SolArray::getType() {
    return type;
  }

  inline uintSA SolArray::length() {
    return len;
  }

  inline void SolArray::set(uintSA pos, uintSA value) {
    switch(type) {
    case SMALL_ARRAY:
      small[pos] = value;
      break;
    case LARGE_ARRAY:
      large[pos] = value;
      break;
    case OPTIMAL_ARRAY:
      bv->SetValue(pos, value);
      break;
    }
  }

  inline uintSA SolArray::operator[](uintSA pos) {
    return get(pos);
  }
}
#endif

// Local Variables:
// mode:c++
// End: