- Mikaël Salson
- Maître de conférences en informatique
- mikael.salson@univ-lille.fr
- +33 3 28 77 85 54
Parcours
- Je fais partie depuis septembre 2010 de l'équipe de recherche en bioinformatique Bonsai (CRIStAL – Université de Lille et CNRS1). Vous pourriez me trouver errant du côté du bureau 204 dans l'extension du bâtiment M3.
- J'ai effectué ma thèse à l'université de Rouen au sein de l'équipe TIBS du laboratoire LITIS, soutenue fin 2009. J'ai eu la chance d'être encadré par Laurent Mouchard et Martine Léonard, et sous la direction de Thierry Lecroq
Enseignement
- Zététique
- Licence 3è année – Informatique 2014→
- Master 2è année – Journaliste et scientifique 2013→
- Codage de l'information
- Licence 2è année – Informatique 2010→
- Automates et langages
- Licence 3è année – Informatique 2015→
- Bioinformatique
- Master 1è année – Biologie et biotechnologie 2011→
- Initiation à l'informatique
- Licence 1è année – Sciences exactes et sciences de l'ingénieur 2014→2015
- Pratique du C
- Licence 2è année – Informatique 2013→2015
- Licence 3è année – Informatique 2010→2013
- Initiation à la programmation
- Licence 1è année 2010→2014
Recherche
Domaines de prédilection
Mes domaines de recherche concernent principalement (mais n'y sont pas limités)
- Bioinformatique
- Algorithmes pour le traitement de séquences issues des séquenceurs à haut-débit. Plus précisément, il s'agit d'algorithmes pour des données de RNA-seq, ou pour l'analyse de la clonalité de lymphocytes.
- Recherche de cibles de microARN (petits ARN, ne codant pas pour des protéines, ayant une fonction régulatrice)
- Algorithmique du texte
- Structures d'indexation pour le texte (arbre et table des suffixes), compressées (transformée de Burrows-Wheeler), dynamiques
- Recherche de minimum dans un intervalle
Publications
Voir la liste de mes publications.
Présentations données
Voir la liste de mes présentations.
Logiciels
- Vidjil
- Une plateforme logicielle pour l'analyse de populations de lymphocytes, à partir de leurs recombinaisons V(D)J, dans des données de séquençage à haut-débit. Cette plateforme est notamment utilisée pour le suivi de la leucémie par plusieurs hôpitaux dans le monde.
- CRAC
- Un outil d'analyse de données RNA-Seq : détection de jonctions d'épissage (alternatif ou non), de gènes ou transcrits de fusion, de mutations ponctuelles (substitutions, insertions, délétions).
- GkArrays
- Bibliothèque C++ pour l'indexation des lectures issues des séquenceurs haut-débit.
- DFMI
- Implantation d'une structure d'indexation dynamique et compressée.
Conflits d'intérêt
Je possède le nombre minimal de parts dans ma banque coopérative. Mes recherches sont conduites à l'aide de fonds publics exclusivement. Dans le cadre du projet Vidjil, je travaille également avec un ingénieur financé par la fondation EDF. J'ai signé une convention d'orateur non rémunéré dans le cadre de deux journées organisées par Novartis à Dieppe en 2016 sur l'onco-hématologie avec des médecins de différents CHU du nord de la France. La nuit d'hôtel et trois repas ont été pris en charge par Novartis.
Contact
Université de Lille – CRIStAL
Bâtiment M3 – Cité scientifique
59655 Villeneuve d'Ascq Cedex - France
+33 3 28 77 85 54
