Parcours
Enseignement
- Zététique
- Licence 3è année – Informatique Since 2014
- Master 2è année – Journaliste et scientifique Since 2013
- Codage de l'information
- Licence 2è année – Informatique Since 2010
- Projet encadré sur la détection de plagiat
- Master 1è année – Informatique Since 2017
- Sciences du vivant (algorithmique pour la bioinformatique)
- Master 2è année – Modèles complexes, algorithmes et données Since 2015
Recherche
Domaines de prédilection
Publications
Présentations données
Logiciels
- Vidjil
- Une plateforme logicielle pour l'analyse de populations de lymphocytes, à partir de leurs recombinaisons V(D)J, dans des données de séquençage à haut-débit. Cette plateforme est notamment utilisée pour le suivi de la leucémie par plusieurs hôpitaux dans le monde. Le logiciel est désormais transféré au sein du consortium sans but lucratif VidjilNet
- CRAC
- Un outil d'analyse de données RNA-Seq : détection de jonctions d'épissage (alternatif ou non), de gènes ou transcrits de fusion, de mutations ponctuelles (substitutions, insertions, délétions).
- GkArrays
- Bibliothèque C++ pour l'indexation des lectures issues des séquenceurs haut-débit.
- DFMI
- Implantation d'une structure d'indexation dynamique et compressée.
Conflits d'intérêt
Je possède le nombre minimal de parts dans ma banque coopérative. Mes recherches sont conduites à l'aide de fonds publics exclusivement. Dans le cadre du projet Vidjil, j'ai travaillé en 2015–2016 avec un ingénieur financé par la fondation EDF. J'ai signé une convention d'orateur non rémunéré dans le cadre de deux journées organisées par Novartis à Dieppe en 2016 sur l'onco-hématologie avec des médecins de différents CHU du nord de la France. La nuit d'hôtel et trois repas ont été pris en charge par Novartis.
En janvier 2020 j'ai été invité à Montpellier par l'entreprise SeqOne qui a pris en charge le trajet et quelques repas.
Au printemps 2020 j'ai effectué une mission d'expertise pour cette même entreprise. Les fonds provenant de cette mission d'expertise ont été attribués à mon laboratoire, qui seront utilisés pour mes recherches.
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