Parcours

Enseignement

Directeur des études du M1 bioinformatique parcours MISO (Méthodes Informatiques et Statistiques pour les données Omics). Ce parcours est ouvert aux étudiant⋅e⋅s venant de biologie, d'informatique ou de mathématique.
Démarche scientifique et esprit critique
Licence 3è année – Informatique 2014 →
Journalisme - double diplôme Sciences Po Lille – ESJ Lille 2022 →
Master 2è année – Journaliste et scientifique 2013–2022
Algorithmes et structures de données
Licence 2è année – Informatique 2020 →
Compression de l'information  détection et correction d'erreurs
Licence 2è année – Informatique 2020 →
Initiation à la programmation
Licence 3è année – Biologie des organismes et des populations (BOP) 2021 →
Méthodes d'analyses bioinformatiques des séquences
Master 1è année – Bioinformatique (parcours MISO) 2020 →
Bases de données
Master 1è année – Bioinformatique (parcours MISO) 2022 →

Recherche

Domaines de prédilection

Mes domaines de recherche concernent principalement (mais n'y sont pas limités)
Bioinformatique
Algorithmes pour le traitement de séquences issues des séquenceurs à haut-débit. Plus précisément, il s'agit d'algorithmes pour des données de RNA-seq, ou pour l'analyse de la clonalité de lymphocytes.
Recherche de cibles de microARN (petits ARN, ne codant pas pour des protéines, ayant une fonction régulatrice)
Algorithmique du texte
Structures d'indexation pour le texte (arbre et table des suffixes), compressées (transformée de Burrows-Wheeler), dynamiques
Recherche de minimum dans un intervalle

Publications

Présentations données

Logiciels

Vidjil
Une plateforme logicielle pour l'analyse de populations de lymphocytes, à partir de leurs recombinaisons V(D)J, dans des données de séquençage à haut-débit. Cette plateforme est notamment utilisée pour le suivi de la leucémie par plusieurs hôpitaux dans le monde. Le logiciel est désormais transféré au sein du consortium sans but lucratif VidjilNet
CRAC
Un outil d'analyse de données RNA-Seq : détection de jonctions d'épissage (alternatif ou non), de gènes ou transcrits de fusion, de mutations ponctuelles (substitutions, insertions, délétions).
GkArrays
Bibliothèque C++ pour l'indexation des lectures issues des séquenceurs haut-débit.
DFMI
Implantation d'une structure d'indexation dynamique et compressée.

Conflits d'intérêt

Je possède le nombre minimal de parts dans ma banque coopérative. Mes recherches sont conduites à l'aide de fonds publics exclusivement. Dans le cadre du projet Vidjil, j'ai travaillé en 2015–2016 avec un ingénieur financé par la fondation EDF. J'ai signé une convention d'orateur non rémunéré dans le cadre de deux journées organisées par Novartis à Dieppe en 2016 sur l'onco-hématologie avec des médecins de différents CHU du nord de la France. La nuit d'hôtel et trois repas ont été pris en charge par Novartis. En janvier 2020 j'ai été invité à Montpellier par l'entreprise SeqOne qui a pris en charge le trajet et quelques repas. Au printemps 2020 j'ai effectué une mission d'expertise pour cette même entreprise. Les fonds provenant de cette mission d'expertise ont été attribués à mon laboratoire, qui seront utilisés pour mes recherches.

Contact

Université de Lille – CRIStAL
Bâtiment M3 – Cité scientifique
59655 Villeneuve d'Ascq Cedex - France

+33 3 28 77 84 65

  1. 1 Si vous ne comprenez rien à ce charabia, ne vous inquiétez pas, il est uniquement présent afin de satisfaire les différent organismes de tutelle.

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