- Mikaël Salson
- Maître de conférences en informatique
- mikael.salson@univ-lille.fr
- +33 3 28 77 84 65
Parcours
- Je fais partie depuis septembre 2010 de l'équipe de recherche en bioinformatique Bonsai (CRIStAL – Université de Lille et CNRS1). Vous pourriez me trouver dans les environs du bureau S3.57 dans le bâtiment ESPRIT ou de celui du bureau 216 de l'extension du bâtiment M3, sur le chemin entre les deux ou à tout autre endroit.
- J'ai effectué ma thèse à l'université de Rouen au sein de l'équipe TIBS du laboratoire LITIS.
Enseignement
- Démarche scientifique et esprit critique
- Licence 3è année – Informatique 2014 →
- Journalisme - double diplôme Sciences Po Lille – ESJ Lille 2022 →
- Master 2è année – Journaliste et scientifique 2013–2022
- Algorithmes et structures de données
- Licence 2è année – Informatique 2020 →
- Compression de l'information détection et correction d'erreurs
- Licence 2è année – Informatique 2020 →
- Initiation à la programmation
- Licence 3è année – Biologie des organismes et des populations (BOP) 2021 →
- Méthodes d'analyses bioinformatiques des séquences
- Master 1è année – Bioinformatique (parcours MISO) 2020 →
- Bases de données
- Master 1è année – Bioinformatique (parcours MISO) 2022 →
Recherche
Domaines de prédilection
- Bioinformatique
- Algorithmes pour le traitement de séquences issues des séquenceurs à haut-débit. Plus précisément, il s'agit d'algorithmes pour des données de RNA-seq, ou pour l'analyse de la clonalité de lymphocytes.
- Recherche de cibles de microARN (petits ARN, ne codant pas pour des protéines, ayant une fonction régulatrice)
- Algorithmique du texte
- Structures d'indexation pour le texte (arbre et table des suffixes), compressées (transformée de Burrows-Wheeler), dynamiques
- Recherche de minimum dans un intervalle
Publications
Présentations données
Logiciels
- Vidjil
- Une plateforme logicielle pour l'analyse de populations de lymphocytes, à partir de leurs recombinaisons V(D)J, dans des données de séquençage à haut-débit. Cette plateforme est notamment utilisée pour le suivi de la leucémie par plusieurs hôpitaux dans le monde. Le logiciel est désormais transféré au sein du consortium sans but lucratif VidjilNet
- CRAC
- Un outil d'analyse de données RNA-Seq : détection de jonctions d'épissage (alternatif ou non), de gènes ou transcrits de fusion, de mutations ponctuelles (substitutions, insertions, délétions).
- GkArrays
- Bibliothèque C++ pour l'indexation des lectures issues des séquenceurs haut-débit.
- DFMI
- Implantation d'une structure d'indexation dynamique et compressée.
Conflits d'intérêt
Je possède le nombre minimal de parts dans ma banque coopérative. Mes recherches sont conduites à l'aide de fonds publics exclusivement. Dans le cadre du projet Vidjil, j'ai travaillé en 2015–2016 avec un ingénieur financé par la fondation EDF. J'ai signé une convention d'orateur non rémunéré dans le cadre de deux journées organisées par Novartis à Dieppe en 2016 sur l'onco-hématologie avec des médecins de différents CHU du nord de la France. La nuit d'hôtel et trois repas ont été pris en charge par Novartis. En janvier 2020 j'ai été invité à Montpellier par l'entreprise SeqOne qui a pris en charge le trajet et quelques repas. Au printemps 2020 j'ai effectué une mission d'expertise pour cette même entreprise. Les fonds provenant de cette mission d'expertise ont été attribués à mon laboratoire, qui seront utilisés pour mes recherches.
Contact
Université de Lille – CRIStAL
Bâtiment M3 – Cité scientifique
59655 Villeneuve d'Ascq Cedex - France
+33 3 28 77 84 65
