Parcours

Enseignement

Directeur des études du M1 bioinformatique parcours MISO (Méthodes Informatiques et Statistiques pour les données Omics). Ce parcours est ouvert aux étudiant⋅e⋅s venant de biologie, d'informatique ou de mathématique.
Démarche scientifique et esprit critique (responsable)
Licence 3è année – Informatique 2014 →
Journalisme - double diplôme Sciences Po Lille – ESJ Lille 2022 →
Master 2è année – Journaliste et scientifique 2013–2022
Algorithmes et structures de données (responsable)
Licence 2è année – Informatique 2020 →
Compression de l'information  détection et correction d'erreurs (responsable)
Licence 2è année – Informatique 2020 →
Initiation à la programmation
Licence 3è année – Biologie des organismes et des populations (BOP) 2021 →
Bioinformatique
Licence 3è année – Informatique 2020 →
Méthodes d'analyses bioinformatiques des séquences
Master 1è année – Bioinformatique (parcours MISO) 2020 →
Bases de données
Master 1è année – Bioinformatique (parcours MISO) 2022 →

Recherche

Je suis responsable de l'équipe de recherche Bonsai.

Domaines de prédilection

Je m'intéresse principalement à deux axes de recherche, en bioinformatique des séquences : l'indexation de séquences et la comparaison sans alignement.

Indexation de séquences

Le volume de données de séquençage disponible rend nécessaire l'indexation des données, que ce soit au niveau d'un génome, d'un jeu de séquençage ou de collections de jeux de séqeuençage. Ces différentes facettes de l'indexation visent un même but : accéder rapidement aux données pour en tirer parti au mieux. Plusieurs travaux de thèses ou post-doctorats que j'ai co-encadrés ont abordé ces aspects :/

  • CREMSA structure

    Indexation d'alignement multiple de séquences afin de calculer efficacement des statistiques de covariation sur des colonnes de l'alignement multiple.

  • Monotigs

    Indexation de jeux de données de séquençage (post-docs de C. Marchet et F. Ingels)

  • VDJ recombination

    Indexation de recombinaisons V(D)J (thèse de T. Rocher)

  • Tige boucle

    Indexation de génomes pour la recherche de courtes séquences avec de fort taux d'erreurs (appliquée aux cibles de micro-ARN) (thèse de C. Vroland)

Comparaison sans alignement

Les comparaisons sans alignement sont des approches qui comparent de données sans procéder à de l'alignement par programmation dynamique. Ces approches ont le mérite d'être beaucoup plus frugales sans nécessairement perdre en qualité (contrairement à ce qui pourrait être craint).

  • A duplication in the DNA

    Identification de duplications en tandem dans des gènes connus (application à la recherche de FLT3-ITD dans les leucémies aiguës myéloïdes)

  • Red and white blood cells

    Caractérisation des populations de globules blancs par leurs recombinaisons V(D)J (application à l'identification de marqueurs dans les leucémies)

  • CRAC k-mer mapping

    Analyse de données de RNA-seq (détection d'épissages, fusions, etc.)

Par ailleurs je co-encadre la thèse de T. Baudeau sur l'analyse de séquençage Nanopore de virus.

Logiciels

CREMSA
Logiciel pour l'indexation de très grands alignements multiples de séquences.
FiLT3r
Logiciel pour l'analyse de duplications en tandem dans un ou plusieurs gènes d'intérêt à partir de données de séquençage à haut débit. Le logiciel a été initialement développé pour la recherche des FLT3-ITD mais peut être utilisé plus généralement.
Vidjil
Une plateforme logicielle pour l'analyse de populations de lymphocytes, à partir de leurs recombinaisons V(D)J, dans des données de séquençage à haut-débit. Cette plateforme est notamment utilisée pour le suivi de la leucémie par plusieurs hôpitaux dans le monde. Le logiciel est désormais transféré au sein du consortium sans but lucratif VidjilNet
CRAC
Un outil d'analyse de données RNA-Seq : détection de jonctions d'épissage (alternatif ou non), de gènes ou transcrits de fusion, de mutations ponctuelles (substitutions, insertions, délétions).
GkArrays
Bibliothèque C++ pour l'indexation des lectures issues des séquenceurs haut-débit.
DFMI
Implantation d'une structure d'indexation dynamique et compressée.

Publications

Présentations données

Conflits d'intérêt

Je possède le nombre minimal de parts dans ma banque coopérative. Mes recherches sont conduites à l'aide de fonds publics exclusivement. Dans le cadre du projet Vidjil, j'ai travaillé en 2015–2016 avec un ingénieur financé par la fondation EDF. J'ai signé une convention d'orateur non rémunéré dans le cadre de deux journées organisées par Novartis à Dieppe en 2016 sur l'onco-hématologie avec des médecins de différents CHU du nord de la France. La nuit d'hôtel et trois repas ont été pris en charge par Novartis. En janvier 2020 j'ai été invité à Montpellier par l'entreprise SeqOne qui a pris en charge le trajet et quelques repas. Au printemps 2020 j'ai effectué une mission d'expertise pour cette même entreprise. Les fonds provenant de cette mission d'expertise ont été attribués à mon laboratoire, qui ont été utilisés pour financer un stagiaire, une publication et un repas d'équipe.

Contact

Université de Lille – CRIStAL
Bâtiment M3 – Cité scientifique
59655 Villeneuve d'Ascq Cedex - France

+33 3 28 77 84 65

Crédits : Image de l'indexation de jeux de données de séquençage par Camille Marchet, image de la tige-boucle CC BY SA par Sakurambo.

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