Talks given

Peer-reviewed conferences

2 results
2014
[2] Lossless seeds for searching short patterns with high error rates (, and ), International Workshop On Combinatorial Algorithms (IWOCA), . [bibtex] [pdf]
2008
[1] Dynamic Burrows-Wheeler Transform (, , and ), Prague Stringology Conference (PSC 2008), Prague, Czech Republic, . [bibtex] [pdf]

Workshops

14 results
2020
[14] How string algorithms process high-throughput sequencing data in clinical practice (), Omics and System Biology Seminar (INS2I), . [bibtex] [pdf]
2019
[13] Vidjil: an open-source platform for interactive repertoire analysis (, , and ), AIRR Community Meeting IV, . [bibtex] [pdf]
2018
[12] Alignment-free detection of multi loci V(D)J recombinations ( and ), SeqBio, Rouen, . [bibtex] [pdf]
2017
[11] Vidjil, une plateforme web pour l'étude de populations lymphocytaires (, , , , , and ), Congrès de la SFMPP, . [bibtex] [pdf]
2016
[10] Vidjil, a platform for the interactive analysis of immune repertoires (, , , , and ), JOBIM, Lyon, . [bibtex] [pdf]
2015
[9] A seeding framework for lossless filtering for the approximate pattern matching problem (, and ), SeqBio 2015, . [bibtex] [pdf]
2013
[8] CRAC, a software for analyzing RNA-seq reads (, , and ), JOBIM 2013 (french bioinformatics conference), . [bibtex] [pdf]
2011
[7] Indexing a large set of reads (, , , , and ), Workshop algorithme, combinatoire du texte et applications en bio-informatique (SeqBi 2011), Rennes, . [bibtex] [pdf]
2010
[6] Average Complexity for Updating a Suffix Array (, and ), London Stringology Days and London Algorithmic Workshop (LSD-LAW 2010), . [bibtex] [pdf]
[5] Sliding a Suffix Array along a Text (, , and ), London Stringology Days and London Algorithmic Workshop (LSD-LAW 2010), . [bibtex] [pdf]
[4] Coût de la mise à jour d'une table des suffixes (, and ), Workshop algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique (GTSEQ 2010), Montpellier, . [bibtex] [pdf]
2009
[3] Dynamic Suffix Array with experiments and a specific emphasis on LCP arrays (, , and ), Stringology Research Workshop, Tel-Aviv, Israel, . [bibtex] [pdf]
[2] Dynamic Burrows-Wheeler Transform (, , and ), Stringology Research Workshop, Tel-Aviv, Israel, . [bibtex] [pdf]
[1] Dynamic Extended Suffix Arrays (, and ), London Stringology Days and London Algorithmic Workshop (LSD-LAW 2009), . [bibtex] [pdf]

Miscellaneous

13 results
2021
[13] Vidjil, efficient sequencing data processing for onco-hematology (, , and ), L’analyse bio-informatique et de l’intelligence artificielle appliquées à la gestion et la mise en valeur des données "omics" dans le domaine de la recherche en oncologie., . [bibtex] [pdf]
2019
[12] From alignment-free heuristics to an interactive visualization: V(D)J repertoire analysis in the Vidjil Platform (), Séminaire Symbiose, Rennes, . [bibtex] [pdf]
[11] To map or not to map? (), Formation RNA-Seq Bilille, . [bibtex] [pdf]
2018
[10] Indexation plein texte (), École d'été JC2BIM, . [bibtex] [pdf]
[9] Méthodes sans alignement (), École d'été JC2BIM, . [bibtex] [pdf]
2017
[8] To map or not to map? (), Formation RNA-Seq Bilille, . [bibtex] [pdf]
2012
[7] Alignement, la spécificité d'abord ! (), Réseau régional d’ingénieurs en bioinformatique de Lille, PPF bioinformatique, . [bibtex] [pdf]
[6] Étude par NGS des réarrangements V(D)J comme marqueurs de la maladie résiduelle (), Le séquençage de nouvelle génération dans le cancéropôle nord-ouest : évolution, résultats, projets, . [bibtex] [pdf]
2011
[5] Transformée de Burrows-Wheeler et mapping de données RNA-Seq (), Journée de l'ANR Mappi, . [bibtex] [pdf]
[4] Indexer des fragments d'ADN (, , , , and ), Journées au vert, . [bibtex] [pdf]
2010
[3] Comment chercher vite et bien dans un texte ? (), Journées du CIES, . [bibtex] [pdf]
2009
[2] Structures d'indexation compressées et dynamiques pour le texte (), PhD defense, university of Rouen, . [bibtex] [pdf]
[1] Applications de la transformée de Burrows-Wheeler (, , and ), Journée de l'école doctorale SPMII, . [bibtex] [pdf]