Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

- b -

• begin() : gkarrays::readsReader
• build() : gkarrays::GkSABuilder , gkarrays::GkIFABuilder , gkarrays::GkCFPSBuilder

- c -

• convertPposToQpos() : gkarrays::gkArrays

- g -

• get() : gkarrays::SolArray
• getEndPosOfTagNum() : gkarrays::gkArrays
• getGkCFA() : gkarrays::gkArrays
• getGkCFALength() : gkarrays::gkArrays
• getGkCFPS() : gkarrays::GkCFPSBuilder
• getGkIFA() : gkarrays::GkIFABuilder
• getGkISA() : gkarrays::gkArrays
• getGkSA() : gkarrays::gkArrays , gkarrays::GkSABuilder
• getGkSALength() : gkarrays::gkArrays
• getLength() : gkarrays::readIterator , gkarrays::singleReadIterator , gkarrays::pairedEndReadIterator
• getName() : gkarrays::pairedEndReadIterator , gkarrays::readIterator , gkarrays::singleReadIterator
• getNbPposition() : gkarrays::gkArrays
• getNbTags() : gkarrays::gkArrays
• getNbTagsWithFactor() : gkarrays::gkArrays
• getNbThreads() : gkarrays::gkArrays
• getPair() : gkarrays::gkArrays , gkarrays::pairedEndReadIterator
• getPosInCommon() : gkarrays::gkArrays
• getQuality() : gkarrays::readIterator , gkarrays::singleReadIterator , gkarrays::pairedEndReadIterator
• getReadNumber() : gkarrays::readIterator , gkarrays::singleReadIterator , gkarrays::pairedEndReadIterator
• getReads() : gkarrays::gkArrays
• getSequence() : gkarrays::readIterator , gkarrays::singleReadIterator , gkarrays::pairedEndReadIterator
• getStartPosOfTagNum() : gkarrays::gkArrays
• getStartQPosOfTagNum() : gkarrays::gkArrays
• getSupport() : gkarrays::gkArrays
• getSupportLength() : gkarrays::gkArrays
• getTag() : gkarrays::gkArrays
• getTagFactor() : gkarrays::gkArrays
• getTagLength() : gkarrays::gkArrays
• getTagNum() : gkarrays::gkArrays
• getTagNumAndPosFromAbsolutePos() : gkarrays::gkArrays
• getTagNumWithFactor() : gkarrays::gkArrays
• getTagsWithFactor() : gkarrays::gkArrays
• getTextFactor() : gkarrays::gkArrays
• getThreshold() : gkarrays::gkArrays
• getType() : gkarrays::SolArray , gkarrays::gkArrays
• gkArrays() : gkarrays::gkArrays
• GkArraysBuilder() : gkarrays::GkArraysBuilder

- i -

• init() : gkarrays::SolArray
• isDiscarded() : gkarrays::gkArrays , gkarrays::singleReadIterator
• isFinished() : gkarrays::readIterator , gkarrays::singleReadIterator , gkarrays::pairedEndReadIterator
• isLarge() : gkarrays::gkArrays
• isPairedEnd() : gkarrays::readsReader
• isPposition() : gkarrays::gkArrays
• isStranded() : gkarrays::gkArrays
• isTheFirstMemberOfPair() : gkarrays::pairedEndReadIterator , gkarrays::gkArrays

- l -

• length() : gkarrays::SolArray

- o -

• operator*() : gkarrays::readIterator , gkarrays::singleReadIterator , gkarrays::pairedEndReadIterator
• operator++() : gkarrays::pairedEndReadIterator , gkarrays::readIterator , gkarrays::singleReadIterator , gkarrays::pairedEndReadIterator , gkarrays::singleReadIterator
• operator[]() : gkarrays::SolArray

- p -

• pairedEndReadIterator() : gkarrays::pairedEndReadIterator
• printWarnings() : gkarrays::readIterator

- r -

• readsReader() : gkarrays::readsReader
• realloc() : gkarrays::SolArray

- s -

• set() : gkarrays::SolArray
• setAutoDiscard() : gkarrays::singleReadIterator
• setPrintWarnings() : gkarrays::readIterator
• singleReadIterator() : gkarrays::singleReadIterator
• SolArray() : gkarrays::SolArray

- ~ -

• ~pairedEndReadIterator() : gkarrays::pairedEndReadIterator
• ~readIterator() : gkarrays::readIterator
• ~singleReadIterator() : gkarrays::singleReadIterator