Gk-arrays
Efficient read indexing
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Class Index
Class Hierarchy
Class Members
All
Functions
b
c
g
i
l
o
p
r
s
~
- b -
begin() :
gkarrays::readsReader
build() :
gkarrays::GkSABuilder
,
gkarrays::GkIFABuilder
,
gkarrays::GkCFPSBuilder
- c -
convertPposToQpos() :
gkarrays::gkArrays
- g -
get() :
gkarrays::SolArray
getEndPosOfTagNum() :
gkarrays::gkArrays
getGkCFA() :
gkarrays::gkArrays
getGkCFALength() :
gkarrays::gkArrays
getGkCFPS() :
gkarrays::GkCFPSBuilder
getGkIFA() :
gkarrays::GkIFABuilder
getGkISA() :
gkarrays::gkArrays
getGkSA() :
gkarrays::gkArrays
,
gkarrays::GkSABuilder
getGkSALength() :
gkarrays::gkArrays
getLength() :
gkarrays::readIterator
,
gkarrays::singleReadIterator
,
gkarrays::pairedEndReadIterator
getName() :
gkarrays::pairedEndReadIterator
,
gkarrays::readIterator
,
gkarrays::singleReadIterator
getNbPposition() :
gkarrays::gkArrays
getNbTags() :
gkarrays::gkArrays
getNbTagsWithFactor() :
gkarrays::gkArrays
getNbThreads() :
gkarrays::gkArrays
getPair() :
gkarrays::gkArrays
,
gkarrays::pairedEndReadIterator
getPosInCommon() :
gkarrays::gkArrays
getQuality() :
gkarrays::readIterator
,
gkarrays::singleReadIterator
,
gkarrays::pairedEndReadIterator
getReadNumber() :
gkarrays::readIterator
,
gkarrays::singleReadIterator
,
gkarrays::pairedEndReadIterator
getReads() :
gkarrays::gkArrays
getSequence() :
gkarrays::readIterator
,
gkarrays::singleReadIterator
,
gkarrays::pairedEndReadIterator
getStartPosOfTagNum() :
gkarrays::gkArrays
getStartQPosOfTagNum() :
gkarrays::gkArrays
getSupport() :
gkarrays::gkArrays
getSupportLength() :
gkarrays::gkArrays
getTag() :
gkarrays::gkArrays
getTagFactor() :
gkarrays::gkArrays
getTagLength() :
gkarrays::gkArrays
getTagNum() :
gkarrays::gkArrays
getTagNumAndPosFromAbsolutePos() :
gkarrays::gkArrays
getTagNumWithFactor() :
gkarrays::gkArrays
getTagsWithFactor() :
gkarrays::gkArrays
getTextFactor() :
gkarrays::gkArrays
getThreshold() :
gkarrays::gkArrays
getType() :
gkarrays::SolArray
,
gkarrays::gkArrays
gkArrays() :
gkarrays::gkArrays
GkArraysBuilder() :
gkarrays::GkArraysBuilder
- i -
init() :
gkarrays::SolArray
isDiscarded() :
gkarrays::gkArrays
,
gkarrays::singleReadIterator
isFinished() :
gkarrays::readIterator
,
gkarrays::singleReadIterator
,
gkarrays::pairedEndReadIterator
isLarge() :
gkarrays::gkArrays
isPairedEnd() :
gkarrays::readsReader
isPposition() :
gkarrays::gkArrays
isStranded() :
gkarrays::gkArrays
isTheFirstMemberOfPair() :
gkarrays::pairedEndReadIterator
,
gkarrays::gkArrays
- l -
length() :
gkarrays::SolArray
- o -
operator*() :
gkarrays::readIterator
,
gkarrays::singleReadIterator
,
gkarrays::pairedEndReadIterator
operator++() :
gkarrays::pairedEndReadIterator
,
gkarrays::readIterator
,
gkarrays::singleReadIterator
,
gkarrays::pairedEndReadIterator
,
gkarrays::singleReadIterator
operator[]() :
gkarrays::SolArray
- p -
pairedEndReadIterator() :
gkarrays::pairedEndReadIterator
printWarnings() :
gkarrays::readIterator
- r -
readsReader() :
gkarrays::readsReader
realloc() :
gkarrays::SolArray
- s -
set() :
gkarrays::SolArray
setAutoDiscard() :
gkarrays::singleReadIterator
setPrintWarnings() :
gkarrays::readIterator
singleReadIterator() :
gkarrays::singleReadIterator
SolArray() :
gkarrays::SolArray
- ~ -
~pairedEndReadIterator() :
gkarrays::pairedEndReadIterator
~readIterator() :
gkarrays::readIterator
~singleReadIterator() :
gkarrays::singleReadIterator
All
Classes
Functions
Generated on Thu Mar 21 2013 15:36:51 for Gk-arrays by
1.7.6.1